jueves, 18 de agosto de 2016


“No hay una cura para el cáncer. Habrá muchas”

La bióloga desarrolla métodos computacionales para identificar alteraciones genéticas vinculadas a la aparición de los tumores



La bióloga Núria López-Bigas en el Parque de Investigación Biomédica de Barcelona, donde trabaja.JUAN BARBOSA

No hay ni una sola probeta en el laboratorio de la bióloga Núria López-Bigas(Monistrol de Montserrat, 1975), recientemente galardonada con el Premio Fundación Banco Sabadell a la Investigación Biomédica. Tampoco viste de bata blanca. “Es que trabajo con ordenadores”, justifica. El jurado le concedió el premio por “desarrollar métodos bioinformáticos para estudiar el genoma del cáncer”. La investigadora de la Universitat Pompeu Fabra (UPF) y su equipo de Genómica Biomédica crean métodos computacionales para identificar alteraciones genéticas vinculadas a la aparición del cáncer. De ahí que en su centro de operaciones, en una planta del colosal Parque de Investigación Biomédica de Barcelona, solo haya potentes ordenadores con cientos de miles de números que discurren en fila india por las pantallas.
Pregunta. ¿Qué hace una bióloga programando algoritmos informáticos?
Respuesta. Hoy en día generamos una gran cantidad de datos a través de las técnicas de secuenciación masiva del genoma de las células y no hay otra manera de analizarlos si no es con programas bioinformáticos.
P. ¿Qué busca?
R. Lo que más nos interesa es encontrar mutaciones que causan tumores. Cuando secuenciamos un tumor tiene miles de mutaciones y la mayoría de estas no tienen un papel relevante en causar la enfermedad. Lo que nos interesa es localizar las mutaciones causantes y esto lo tenemos que hacer con programas bioinformáticos: analizamos cientos o miles de tumores e intentamos encontrar un patrón de mutaciones en los genes que nos indican que estas se han acumulado allí porque son causantes del tumor.
P. ¿Cómo lo hace?
R. Primero conseguimos los datos, los genomas. Y luego, buscamos la forma de analizar estos datos para que nos dé información de donde están las mutacionesdriver [conductoras del tumor]. Lo hacemos a través de algoritmos que miran los patrones de mutaciones de todos los genes y detectan las llamadas señales de selección positiva, que dan ventaja a las células para reproducirse de forma exagerada. Buscamos un algoritmo que nos ayude a hacer esto.

P.
 ¿Cuántas mutaciones genómicas causantes de tumores han detectado?Es un proceso laborioso. Y una vez tenemos los resultados hay que mirarlos, ver si tienen sentido, si nos está detectando cosas adecuadas y entender qué es ese gen con una mutación driver.
R. En un estudio que publicamos el año pasado analizamos genomas de 7.000 tumores de 28 tipos distintos y encontramos 459 genes con mutaciones causantes del cáncer.
P. ¿Hay alguna forma de evitar estas mutaciones?
R. Las mutaciones ocurren al azar, por muchas razones. No se puede controlar dónde ocurren, aunque esto se ve aumentado por exposición a luz ultravioleta, el tabaco… El caso es que ocurren y pueden caer en sitios clave que le dan esa ventaja selectiva a la célula para empezar a dividirse descontroladamente. Las que buscamos nosotros son estas que le dan la propiedad a la célula de dividirse de forma descontrolada.
P. ¿Hay algún gen en concreto que repita un patrón en distintos tumores?
R. El TP53 es el gen más frecuentemente mutado en los tumores. Está presente en un 45% de los ellos. Dependiendo del tejido vemos un patrón de mutación u otro. La frecuencia de mutaciones en genes driver depende más del tipo de tejido: hay frecuencias distintas, pero hay genes compartidos en distintos tipos de cáncer.
P. ¿Cuántas mutaciones driver les faltan por encontrar?
R. La sensación es que nos faltan muchos. Hemos analizado 28 tipos de tumores, que no son todos. Además, hasta el momento hemos estudiado las regiones codificantes del ADN (donde están los genes que codifican las proteínas) y eso representa un 2% de todo el genoma. Pero falta el 98% del genoma no codificante, donde todavía no hemos mirado.
P. La revolución de la secuenciación genómica del cáncer ha revelado que ningún tumor es igual a otro, aunque sea en el mismo tejido. ¿Las alteraciones genéticas lo definen todo?
R. Todo no. Definen muchas cosas. En nuestro cuerpo tenemos algunas células que pueden tener alteraciones y no están desarrollando un tumor. Hay muchas cosas que no sabemos, pero sí es cierto que estas alteraciones genómicas están en la base de las causas moleculares del tumor.
P. ¿La clasificación de tumores por tejidos se ha quedado obsoleta?

P.
 En la causa está la cura.R.
 Sí, no es suficiente. Hay que ir un poco más allá. Es una información que no se puede ignorar , pero cada vez es más necesario clasificar el tumor sobre la base de las alteraciones genómicas que tiene porque esto te está diciendo qué cosas no están funcionando dentro de las células. Cuando no sabes lo que está funcionando también te da una pista a saber revertirlo, y de hecho hay tratamientos de cáncer dirigidos a revertir algunas cosas muy concretas.
R. Sí, en la causa está el primer paso para encontrar una cura. El hecho de entender qué es lo que está en la base de la causa molecular del tumor te da una pista para saber cuál puede ser la manera para revertir esto.
P. La comunidad científica ha desechado la idea de erradicar el cáncer. Habla de intentar cronificarlo.
R. Hay dos complejidades: a nivel poblacional es muy heterogéneo y además, por dentro, cada tumor está en movimiento y evolucionando. Tú puedes tratar este tumor y erradicarlo o pararlo o hacerlo desaparecer, pero al cabo de un tiempo puede volver a evolucionar porque desarrolla resistencia.
P. ¿Quién evoluciona más rápido: el cáncer o la investigación oncológica?
R. Se está avanzando muchísimo. Lo que pasa es que hay mucha heterogeneidad y por eso no es posible hablar de una cura para el cáncer. No hay una cura para el cáncer ni la habrá. Habrá muchas.
P. ¿Cuánto tardan ustedes en ver sus hallazgos aplicados en la práctica clínica?
R. Lo que hacemos tiene aplicaciones por dos partes: publicamos los genes que detectamos, que son posibles dianas terapéuticas para el desarrollo de terapias. Y además, hoy se utilizan datos genómicos para tomar una decisión médica: se detecta el tumor, se diagnostica, se biopsia, se secuencia, se detectan mutaciones y con ellas se toma una decisión para saber cuál es el mejor tratamiento. Estamos desarrollando un programa que analiza estas mutaciones y provee de información sobre cuáles son las mutaciones driver y cuáles son las terapias que podrían estar funcionando para este tipo de alteraciones.

LA CIENCA ES DEL PUEBLO,NO DE UNA ELITE

UN MANUAL DE CONSULTA INTERNACIONAL CON UNA MIRADA CRITICA SOBRE LA CIENCIA, ESCRITO POR DOS ARGENTINAS

La biología tiene su versión social

En la séptima edición de Biología en contexto social, Alicia Massarini y Adriana Schnek recorren la historia de la vida desde sus orígenes hasta la actualidad. Plantean un enfoque crítico de la ciencia y sostienen que debe volver al campo cultural, de donde surgió. Por Pablo Esteban




Cualquier lector que tenga entre sus manos Biología en contexto social enseguida advertirá que si hay un atributo que identifica al mundo biológico es su densidad. Más de 900 páginas explican con rigurosidad y belleza todas las complejidades que caracterizan la vida desde sus orígenes hasta la actualidad. Sin embargo, las autoras no solo realizan el esfuerzo incalculable que implica condensar los procesos históricos –con todos sus progresos pero también a partir de sus accidentes y fracasos– en un texto de lectura amable, sólido e integral. La novedad radica en la construcción de un enfoque que, basado en el eje evolutivo, consigue recuperar la centralidad de los escenarios para penetrar en la propia cocina del conocimiento. Desde allí, edifican un punto de vista que se propone conocer el modo en que se produce, reproduce y resignifica la ciencia.
Un intento que pretende combatir la especialización y la departamentalización de los campos del saber con el objetivo de desacralizar dioses de cartón y derribar premisas autocumplidas: porque la ciencia no es universal, no es objetiva ni mucho menos neutral. Del mismo modo, las disciplinas no son castillos ni los investigadores jinetes que custodian terrenos. El libro representa un esfuerzo por abrir las venas de la academia, en tanto y en cuanto los mensajes se comunican sin infantilizar al público. No hace falta colocar al receptor en una posición de desprestigio para promover el acceso y estimular la participación. Massarini y Schnek lo saben, tienen experiencia y no la atesoran. La comparten, porque tienen en claro que si el conocimiento se asfixia y no circula por el entramado social, no sirve para nada.
–Ustedes son autoras de uno de los libros más importantes en la tradición del pensamiento biológico a nivel internacional y regional. ¿Por qué escriben sobre Biología?
Alicia Massarini: –Pensamos que la Biología es la ciencia contemporánea más significativa para comprender nuestro presente y pensar de modo inteligente el futuro. Se ocupa de explicar la historia de todo lo vivo y cómo esa trama nos habilita un espacio. De las ciencias (mal llamadas) “duras”, es la que más integra. Los biólogos aprendemos física, química y matemática, y en efecto, razonamos de manera articulada nuestro objeto de estudio a partir de la interrelación de todos esos niveles para construir lo biológico.
–De modo que “lo biológico” constituye un enfoque superador.
A. M.: –Lo biológico tiene una especificidad y una complejidad propias que permiten el desarrollo de una perspectiva más integral.
Adriana Schnek: –Desde aquí, el gran desafío como biólogos es el abordaje desde otras complejidades. Recuperar visiones y puntos de vista para ir más allá. El objetivo es ir de lo general a lo particular, pero siempre considerando la totalidad porque si se fragmenta lo biológico se resigna la esencia de lo vivo.
–Tengo entendido que este no es el primer material en el que trabajan juntas, ¿cuándo se conocieron? ¿Cómo llegaron a escribir un libro central en el campo?
A. M.: –Cuando finalicé el doctorado, comencé a preocuparme por cómo el enfoque evolutivo podría desarrollarse en las universidades del país, así como también en instituciones educativas de nivel primario y secundario. De este modo, destiné una parte significativa de mi tiempo a la divulgación y a la enseñanza de la evolución. La idea rectora era la construcción de herramientas pedagógicas que pudieran servir a los docentes en sus aulas. Allí fue que nos encontramos con Adriana, primero, para redactar libros y diversos materiales de capacitación docente, y más tarde para armar cursos, organizar talleres.
A. S.: –La Editorial Médica Panamericana me consultó para presentar un proyecto con el objetivo de actualizar el material realizado en ediciones anteriores por Helena Curtis. Participé en la 6° edición como co-autora y para la 7°, se realizó una convocatoria en la que concursaron equipos de diversos países y afortunadamente fuimos seleccionadas. Realizamos un proyecto muy importante que condensaba todo lo que, desde nuestra perspectiva, le hacía falta al libro. Confeccionamos una prueba piloto para enviar a Curtis (que en aquel momento vivía) y a Sue Barnes (otra de las co-autoras que había participado en ediciones anteriores).
–Lo interesante es que Curtis no era bióloga sino periodista científica…
A. S.: –Ella obtuvo una beca en la Universidad de Columbia (EEUU) y construyó una larga trayectoria en la redacción de textos con un estilo propio singularísimo. Luego, publicó la primera versión de Biología... que, desde mi punto de vista, en la actualidad se constituye como el mejor libro que estudia la disciplina. Más tarde ingresó Barnes como coautora, con quien mantenemos contactos postales y nos comenta que está muy satisfecha con nuestro aporte.
A. M.: –Antes de participar en el libro fuimos lectoras y lo amamos. Es una pasión que compartimos con muchos docentes y estudiantes de biología.
–¿Cómo está estructurado?
A. M.: –En los primeros capítulos exponemos nuestra visión de la ciencia: un enfoque construido por nosotras y, por supuesto, por un cuerpo de colaboradores de excelencia compuesto por docentes e investigadores. De esta manera, tomamos los aportes tanto de referentes internacionales como locales. Sin embargo, la gran novedad respecto a ediciones anteriores es el peso que otorgamos al “contexto social”.
–¿De qué manera materializan el aporte?
epigrafe
A. M.: –Cada capítulo inicia con una problemática sociocientífica relacionada a la temática puntual. Del mismo modo, el apartado culmina con el planteo de posibles respuestas o bien con nuevas preguntas que impulsan a los lectores a pensar y reflexionar al respecto desde su propio contexto. Por ejemplo, en el primer capítulo titulado “Origen de la vida” abordamos la vida sintética generada desde el laboratorio. También se suman apartados como “Temas en debate”. En este caso, recuperamos la tensión alrededor del diseño inteligente. Además, se suman recortes periodísticos, se incorporan tramas. Existen diversas formas de recorrer el libro que habilitan múltiples lecturas. Por otra parte, se diferencia de ediciones anteriores por su anclaje en el contexto nacional y regional.

Un enfoque para transformar la realidad

–Pareciera existir un objetivo casi enciclopédico. La idea de reunir todos los conocimientos en un solo libro. ¿Qué tuvieron en cuenta una vez que fueron seleccionadas y comenzaron a trabajar en él?
A. S.: –Somos conscientes que nuestro esfuerzo consiste en realizar una trasposición didáctica. En efecto, nos planteamos un trabajo de reconfiguración, de reinserción, de pensar y repensar en las actualizaciones que se producen en el campo. Escogemos qué transformaciones no pueden quedar fuera, qué puntos de vista resignamos y cuáles reconsideramos. En muchos casos, recuperamos algunos acontecimientos que habían quedado en el olvido y para nosotras son valiosos.
–Si tuvieran que categorizarlo, ¿dirían que es un libro de divulgación científica?
A. M.: –No es un libro de divulgación, pero sí apunta a la educación y a la enseñanza en los distintos niveles pedagógicos. Nuestra manera de comunicar la ciencia tiene que ver con nuestra concepción acerca de ella. Desde aquí, el propósito de estos materiales tiene que ver con democratizar su acceso sin resignar su complejidad. En definitiva, transparentar y hacer explícitos los procesos por los cuales se construyen estos conocimientos que, muchas veces, son controversiales en la medida en que entran en tensión por conflictos de intereses. No compartimos la idea de infantilizar la forma de comunicar la ciencia con el supuesto objetivo de hacerla más accesible, porque ello coloca al interlocutor en un lugar de receptor acrítico.
–Lo que ustedes señalan subraya la brecha entre las prácticas de difusión y de divulgación.
A. S.: –No se trata de ganar al lector con artilugios o medios banales. No es una postura nueva ni propia de iluminados o genios. Pensamos en base a la experiencia en las aulas y a la demanda de los docentes con los que trabajamos. La necesidad de incorporar la complejidad y las problemáticas actuales en la enseñanza.
–Ya que su manera de comunicar la ciencia se construye en paralelo al modo en que piensan en ella, ¿qué implica señalar que “la ciencia forma parte de la cultura”? ¿Cómo derribar los mitos de neutralidad y objetividad que aún perduran en el campo?
A. S.: –Se trata de un proceso que implica devolver a la ciencia al sitio del que nunca debió irse: la cultura. Si bien la ciencia emerge de la cultura, luego se convierte en un espacio de autoridad y se la presenta con una supuesta neutralidad, universalidad y objetividad. Se trata de grandes mitos que no conducen a ningún lado ni colaboran en el progreso del conocimiento. En contraposición a ello, nosotras concebimos que la ciencia es una herramienta más pero no es la única ni la superior.
–Desde aquí, ¿qué otros saberes consideran que deben recuperarse?
A. S.: –Por ejemplo, saberes tradicionales vinculados al conocimiento de la naturaleza que se desarrollan en varios países de la región como Bolivia y Ecuador. Construir un lugar de contrahegemonía para lograr cuestionar cierto autoritarismo y desmerecimiento que practica la comunidad científica cuando no presta atención a lo que, en efecto, ocurre en la comunidad.
A. M.: –La ciencia, en este sentido, es una vía de aproximación a la realidad que tiene sus lógicas y reglas. Muchas veces se asume que el científico es una forma superior de conocimiento que puede actuar como árbitro en los conflictos y en las problemáticas complejas. Nosotras pensamos que hay que desmitificar esta idea. Una representación social muy establecida que, en muchas ocasiones, es replicada por los propios científicos y divulgadores. Y todo ello, intentamos plasmarlo en el libro.
–Ustedes realizan una contribución implícita que se esfuerza por vincular los diversos campos y especialidades que componen el saber científico. En este sentido, ¿cómo superar la departamentalización?
A. M.: –Por un lado, la interdisciplina representa un verdadero desafío para la universidad en Argentina y aun no encuentra su lugar. No existen espacios en el sistema de investigación que promuevan y le otorguen estabilidad a los proyectos donde se integran las distintas ramas de la ciencia. Debe ir acompañado de debates públicos que promuevan la participación social con el propósito de que lo científico se vincule con otras lógicas.
A. S.: –Desde aquí, nuestra mayor apuesta en el libro apunta a dialogar acerca del modo en que se construye el conocimiento junto a los estudiantes, docentes e investigadores de la región. Un material que quiebra la lógica de la academia y su idea de producir en instancias que no se comunican demasiado con la sociedad. No pensamos tanto en colocar la cita de una manera correcta ni en indexar un artículo; nos interesa la ciencia como bien social que debemos proteger y contribuir a desarrollar.
A. M.: –En definitiva, buscamos que la biología se torne una herramienta para poder pensar, intervenir y transformar la realidad.